生物燃料與其他燃料的區別主要體現在其來源、可再的生性、環境影響以及燃燒特性等方面。

生物燃料，泛指由生物質組成或萃取的固體、液體或氣體燃料，如燃料乙醇和生物柴油，它們可以替代由石油制取的汽油和柴油。生物質是指利用大氣、水、土地等通過光合作用而產生的各種有的機體，包括植物、動物和微生物，因此生物燃料是可再的生燃料。相比之下，傳統燃料如石油、煤炭和核能則主要來源于化石資源，是不可的再的生的。

在環境影響方面，生物燃料的燃燒釋放的二氧化碳量理論上為零，因為其生長過程中吸收的二氧化碳量與其燃燒時釋放的二氧化碳量相等。然而，如果生物能源的生長和消耗并不發生在同一時間、同一空間，那么對其的會計核算就難以得到均衡的數據。相比之下，化石燃料的燃燒會增加大氣中的二氧化碳濃度，從而加劇全球變暖。

此外，生物燃料的燃燒特性也與其他燃料有所不同。生物質成型燃料不含硫磷，不腐蝕鍋爐，發熱量大，燃燒后的灰燼是品位好的有的機鉀肥，可回收創利。